いいえ、先に古いRPMパッケージを削除 (rpm -e <Packagename>.i386.rpm)してしまったとしても、 あなたの設定には何ら支障はありません。これは、あなたのKDEの設定がホームディレクトリの中の'Desktop'と呼ばれるフォルダ内に保存されているからです(この点は、いくつかのドットファイルと同様です)。これに対して、KDE自身は通常 /opt/kde などのシステム全体から利用可能なディレクトリにインストールされています。
但し、もちろん、常にバックアップをとられることをお勧めします。 あなたの個人的な設定ファイルだけでなく、$KDEDIR/share/config もバックアップを取っておくことは良い考えかも知れません。
もしあなたに充分なディスク容量があれば、 KDE1.0のインストールされた /opt/kde を /opt/kde10 に移動し、それとは別個に /opt/kde11 にKDE1.1をインストール(訳注:kde1.0からkde1.1のアップグレードを想定?)して下さい。 同じことを $HOME/.kde にもしましょう。そして $HOME/Desktop もバックアップしましょう。 そして、 /opt/kde と $HOME/.kde とにシンボリックリンクを張って、環境変数を変更することなく正しいインストール先に一致させ、kde1.0 から kde1.1 にスイッチしてください。qtにも同じことをしてください。