Нет, ваши настройки сохранятся, если вы, скажем, удалите ваши старые rpm-пакеты (rpm -e <Packagename>.i386.rpm). Дело в том, что ваши настройки KDE хранятся в папке "Desktop" в вашем домашнем каталоге, и в каталоге .kde, в то время как само KDE в норме устанавливается в каталог, доступный для всей системы, например, /opt/kde.
Но, конечно, сделать резервные копии никогда не помешает. Кроме ваших персональных файлов настройки неплохо также сделать резервные копии $KDEDIR/share/config.
Если вы располагаете достаточным количеством свободного места, переместите /opt/kde в /opt/ke10, а устанавливайте файлы в /opt/kde11. Сделайте тоже самое с $HOME/.kde и, также, сделайте резервные копии $HOME/Desktop. Сделайте символьные ссылки /opt/kde и $HOME/.kde, чтобы получить правильные префиксы установки без изменения переменных окружения, и, также, для переключения между kde1.0 и 1.1. Сделайте то же самое и с Qt.