Возможно, это происходит потому, что KDE пытается "добавить установленные для KDE по умолчанию параметры на не принадлежащие KDE программы", что означает, что KDE использует xrdb для передачи установленных по умолчанию параметров X, которые пытаются мимикрировать цвет, шрифт и другие установки, заданные для KDE. Тем не менее, опыт показывает, что эти попытки обычно повреждает настройки не-KDE программ, особенно, если они были тщательно изменены для X.
"Официальным" решением этой проблемы является: пройти в Центре управления в Настройки->Рабочий стол->Стиль и отменить параметр "Применять шрифты и цвета к приложениям не из KDE". Если это не помогло -- убедитесь, что после сделанных изменений вы щелкнули по "ОК" а не по "Применить". Если все равно не работает -- вот кардинальное решение -- переименуйте или сотрите каталог $KDEDIR/share/apps/kdisplay/app-defaults. В результате KDE не сможет найти файлы с X-ресурсами для этой функции, что решит проблему. Вы должны выйти из KDE и запустить его снова, для того, чтобы изменения сработали.
Если вы не хотите, или не можете переименовать или стереть каталог app-defaults, используемый всей системой, вы всегда можете сделать копию его в ваш персональный каталог (например, $HOME/.kde/share/apps/kdisplay/app-defaults) и, затем изменить, удалить, добавить необходимые для решения вашей проблемы файлы.
Раздел Настройки->Рабочий стол->Стиль присутствует в 1.1pre2, я не уверен, где он находится в предыдущих версиях (он существует где-то с версии 1.0).